Šiame anksčiau Antrąja ligonine ir Kauno klinikine ligonine vadintame padalinyje pacientams teikiamos ambulatorinės ir stacionarinės paslaugos. Čia veikia Konsultacijų poliklinika, Odos ir venerinių ligų poliklinika, tyrimai atliekami Laboratorijoje ir Radiologijos skyriuje, skubi pagalba teikiama suaugusiesiems skirtame Priėmimo-skubios pagalbos skyriuje. Veikia Chirurgijos skyrius, Fizinės medicinos ir reabilitacijos II skyrius, Neurologijos II skyrius, Odos ir venerinių ligų skyrius, Urologijos skyrius, Vidaus ligų diagnostikos skyrius ir kt.
Tuo pačiu adresu, bet šalia esančiame pastate atnaujintose patalpose veikia Akušerijos ir ginekologijos skyrius, Akušerijos skyriaus priėmimas, Naujagimių skyrius, Geriatrijos skyrius bei Geriatrijos centras.
Šalia jau esančių pastatų vyksta intensyvūs statybos darbai – kyla Ortopedijos traumatologijos korpusas, į kurį bus perkelti Laisvės alėjos padalinio ortopedijos ir traumatologijos skyriai.
Josvainių g. 2 taip pat yra ir pagrindinis administracinis padalinys.
Šalia Josvainių g. 2 padalinio Baltijos gatvėje esančiame padalinyje sutelktos paslaugos vaikams, taip pat tai pagrindinis infekcinių ligų gydymo padalinys.
Čia veikia Vaikų konsultacinė poliklinika bei Vaikų skubios pagalbos ir konsultacijų centras, kuriam priklauso Vaikų ligų skyrius bei Vaikų priėmimo, skubios pagalbos ir intensyvios terapijos skyrius.
Vaikų ligų skyriaus tuberkuliozei gydyti skirtame padalinyje tiriami ir gydomi vaikai dėl lokalios ir latentinės tuberkuliozės. Norint sudaryti galimybes jiems gauti aukščiausio lygio medicinines paslaugas bei sukurti geras sąlygas stacionare, padalinys neseniai atnaujintas.
Baltijos g. padalinyje taip pat veikia infekcinių ligų korpuso priėmimas ir Infekcinių ligų skyrius, kuriame gydomi įvairiomis infekcinėmis ligomis sergantys pacientai.
Greta esančiame pastate įsikūręs Hemodializės skyrius, kuriame paslaugos teikiamos pacientams, sergantiems lėtiniu ir ūmiu inkstų funkcijos nepakankamumu.
Šį padalinį dar išgirstame vadinant senaisiais vardais – Trečiąja ligonine ar Respublikine Kauno ligonine. Padalinyje veikia platų specialistų spektrą turinti Konsultacijų poliklinika, tyrimai atliekami Laboratorijoje, Radiologijos bei Endoskopijų skyriuose.
Skubi pagalba suaugusiesiems teikiama Priėmimo – skubios pagalbos skyriuje. Pacientai stacionarizuojami į Kardiologijos, Neurologijos, Vidaus ligų skyrius. Vaikams ir suaugusiesiems paslaugos teikiamos Ausų, nosies, gerklės ligų skyriuje. Dienos chirurgijos bei Chirurgijos skyriuose ir Kraujagyslių chirurgijos sektoriuje teikiamos įvairios chirurgijos paslaugos. Reabilitacijos paslaugas teikia Ambulatorinės ir Stacionarinės reabilitacijos skyriai.
Čia taip pat veikia Psichiatrijos klinikos Aleksoto sektoriui priklausantis Somatopsichiatrinis skyrius. Paslaugas teikia Terapijos dienos stacionaras bei kiti ligoninės skyriai.
Laisvės alėjos padalinyje, kuris 2024 metais persikels į greta Josvainių g. 2 padalinio statomą Ortopedijos traumatologijos korpusą, sutelktos ortopedijos ir traumatologijos paslaugos. Čia veikia Priėmimo-skubios pagalbos ir traumų skyrius (Traumatologijos punktas), Ortopedijos ir traumatologijos I ir II skyriai, Fizinės medicinos ir reabilitacijos I skyrius, Dienos chirurgijos I skyrius ir kt. Padalinyje taip pat veikia Vidaus ligų skyrius.
Teikiamos ambulatorinės ir diagnostinės paslaugos: atliekami radiologiniai, endoskopiniai, laboratoriniai ir klinikinės fiziologijos tyrimai.
Miesto centre įsikūrę gilias tradicijas turintys LSMU Kauno ligoninės Krikščioniškieji gimdymo namai. Juos sudaro du skyriai – Akušerijos ir Ginekologijos.
Taip pat Krikščioniškuosiuose gimdymo namuose veikia ir Naujagimių bei Anesteziologijos-reanimacijos poskyriai. Padalinyje taip pat vykdomos ambulatorinės konsultacijos, veikia akušerijos dienos stacionaras, nėščiųjų baseinas.
Dar vienas miesto centre esantis LSMU Kauno ligoninės padalinys – P. Mažylio gimdymo namai. Keturių aukštų istoriniame pastate įsikūrę ir šiuolaikine medicinine įranga aprūpinti gimdymo namai alsuoja namų aplinka.
Čia veikia Akušerijos ir ginekologijos, Naujagimių, Anesteziologijos ir reanimacijos skyriai, Dienos konsultacijų centras, nėščiųjų ir kūdikių baseinas.
LSMU Kauno ligoninės Psichiatrijos klinika – viena didžiausių Lietuvoje. Joje teikiamos visapusiškos psichikos sveikatos priežiūros paslaugos – ambulatorinės, psichosocialinės reabilitacijos bei stacionarinės, todėl klinikos specialistai gali paskirti tinkamiausią gydymą kiekvienam pacientui.
Psichiatrijos paslaugos sutelktos dviejuose padaliniuose, vienas kurių yra Psichiatrijos klinikos Aleksoto sektorius S. Dariaus ir S. Girėno gatvėje Kaune. Aleksoto sektoriuje veikia Priėmimo-skubios pagalbos skyrius, Krizių intervencijos centras ir dienos stacionaras, Poūmių psichikos sutrikimų gydymo ir Ūmių psichikos sutrikimų gydymo skyriai, Dienos stacionaras, Psichosocialinės reabilitacijos skyrius, Jaunų žmonių psichikos sutrikimų gydymo skyrius.
Šiam sektoriui taip pat priklauso Somatopsichiatrinis skyrius, esantis Hipodromo g. 13 padalinyje.
Antras svarbus LSMU Kauno ligoninės Psichiatrijos klinikos padalinys, vadinamas Marių sektoriumi, įsikūręs Kauno rajone, Šlienavoje.
Marių sektoriuje paslaugas teikia keli specializuoti Psichiatrijos klinikos skyriai: Ūmios gerontopsichiatrijos, Ūmių psichozių, Depresijų. Poūmių psichikos sutrikimų gydymo skyrius padeda asmenims, kenčiantiems dėl įvairiausių psichikos sutrikimų, įskaitant psichoaktyvių medžiagų, tokių kaip alkoholis, vartojimo sukeltus sutrikimus, nuotaikos sutrikimus, organinius psichikos sutrikimus ir kt. Čia taip pat veikia Priėmimo-skubios pagalbos skyrius.
LSMU Kauno liginės Slaugos klinikai priklauso trys skyriai, iš kurių du įsikūrę Garliavoje (Vytauto g. 61, Garliava): I palaikomojo gydymo ir slaugos skyrius bei II palaikomojo gydymo ir slaugos skyrius. Skyriuose teikiamos palaikomojo gydymo ir slaugos, paliatyvios pagalbos, kineziterapijos, masažo paslaugos. Atidus ir jautrus klinikos personalas siekia pagerinti pacientų gyvenimo kokybę, suteikti jiems specializuotą medicinos, slaugos, socialinę ir dvasinę pagalbą.
Greta esančiame pastate (Vytauto g. 63, Garliava) veikia Konsultacijų poliklinikos padalinys, kuriame konsultuoja įvairių sričių specialistai (pulmonologai, kardiologai, neurologai, gastroenterologiai ir kt.), atliekami radiologiniai, laboratoriniai, klinikinės fiziologijos tyrimai.
Ramybe dvelkiančiame Panemunės padalinyje veikia Slaugos klinikos III palaikomojo gydymo ir slaugos skyrius.
Šalia esančiame pastate įsikūręs V. Tumėnienės vardo vaikų ankstyvosios raidos centras. Čia teikiamos vaikų raidos sutrikimų ir ankstyvosios reabilitacijos bei logopedo dienos stacionaro paslaugos. Į šį dienos stacionarą atvyksta vaikai (iki 7 metų), turintys judesio, raumenų tonuso, kalbos įgūdžių raidos sutrikimų, elgesio, emocinių problemų ar autizmo spektro sutrikimų, tokių kaip Aspergerio sindromas ir kt.
Kurortiniame Kačerginės miestelyje įsikūręs LSMU Kauno ligoninės vaikų reabilitacijos skyrius „Žibutė“. Jame teikiamos stacionarinės medicininės reabilitacijos paslaugos (tik vaikams) ir ambulatorinės medicininės reabilitacijos paslaugos (vaikams ir suaugusiesiems). Profesionalus specialistų kolektyvas reabilitaciniam gydymui taiko nemedikamentinius metodus, interaktyvią kompiuterinę įrangą, daug dėmesio skiria pacientų mokymui apie ligą. Vasarą „Žibutėje“ vyksta cukriniu diabetu sergančių vaikų reabilitacinio gydymo stovyklos.